Sohn eines Schulrektors und Kantors; erste musikal.
Ausbildung durch den Vater (Gesang), später Klavier-, Orgel- und Generalbaßunterricht bei J. Chmel in Altsattel (Staré Sedlo). Ab 1769 Schüler und Singknabe im Jesuitenkloster Heiligberg bei Príbram (Príbram), ab 1773 als Choralist am Veitsdom in Prag, nahm er Kompositionsunterricht beim Domkapellmeister A. Laube. Seit 1775 in Wien, erhielt er Unterricht in Kontrapunkt und zahlreichen Blasinstrumenten sowie vor allem in Gesang bei Friberth (s. d.). 1776 an der Univ. Wien immatrikuliert, folgte S. nach Vollendung der philosoph. und kurz nach Beginn der medizin. Stud. 1780 einem Ruf an die Kapelle des Prinzen H. v. Schönaich-Carolath in Großglogau (Glogów), wo er seine spätere Gattin, die Altistin Eva Elisabeth Weinhold, kennenlernte (Heirat 1784). Nach Auflösung der Kapelle 1784 und dem vergeblichen Versuch, in P. Bondinis Truppe in Prag unterzukommen, verbrachte S. zwei Jahre als wandernder Musikalienhändler. 1786 in Budweis (Ceské Budejovice) Bekanntschaft mit E. Schikaneder, der ihn als Sänger (Tenor) und Komponist in seine Operntruppe verpflichtete; S. debut, als Nardone in A. Paisiellos „La Frascatana“ in Salzburg, wo er mit M. Haydn und L. Mozart bekannt wurde, der S.s stimmliche Qualitäten sehr schätzte. Nach Auftritten in Augsburg und am Hoftheater in Regensburg (1787–89) folgte er 1789 Schikaneder an das Freihaus-Theater auf der Wieden in Wien. Hier gewann er neben der Sympathie J. Haydns vor allem die Freundschaft W. A. Mozarts; dieser förderte auch den Komponisten S., beteiligte sich an Werken S.s („Nun liebes Weibchen“, KV 625/582a, für „Der Stein der Weisen oder Die Zauberinsel“, Urauff., 1790) und komponierte Variationen über ein Thema von S. (KV 613). Mozart schrieb für S. die Rolle des Tarnino in der „Zauberflöte“, den dieser in der Urauff., (S.s Frau sang damals die 3. Dame) sowie in über 100 Reprisen sang. 1792 wirkte er auch in den ersten dt.sprachigen Auff., von „Don Giovanni“ und „Figaro“ im Freihaus-Theater auf der Wieden mit. 1793 trennte sich S. nach Unstimmigkeiten von Schikaneder und nahm ein Engagement bei J. Bellomo am Grazer Theater an. 1796 nach München verpflichtet, erlangte er als bayer. Kammersänger bedeutendes Ansehen. Aufgrund stimmlicher Probleme trat er ab 1810 nur noch in kleinen Rollen auf und wurde 1814 pensioniert. Er wirkte fortan als Pädagoge und widmete sich vornehmlich der Komposition von Kirchenmusik. S.s Ruhm als Komponist beruht allerdings vor allem auf seinen Singspielen, namentlich auf den von Schikaneder getexteten, in sieben Folgen erschienenen „Anton “-Singspielen, die er meist gem. mit F. X. Gerl (s. d.) vertonte. Seine Tochter Antonia (1784–1851), bereits im Kindesalter auf der Grazer Opernbühne, war 1800–06 als Soubrette Mitgl. der Münch ner Hofoper.