Sohn des Erzh. Carl Ludwig, des Zweitältesten Bruders des K. Franz Joseph, und der Prinzessin Maria Annunciata, Tochter des Königs beider Sizilien Ferdinand II. Durch Franz V. von Modena (s. d.) zum Erben eingesetzt, führte er seit 1875 den Namen Österreich-Este. Nach der üblichen Prinzenerziehung machte F. F. die militärische Laufbahn bei Infanterie und Kavallerie durch und befehligte von 1890 an als Obst. das 9. Husarenrgt. Nach dem Selbstmord des Kronprinzen Rudolf, 1889, kam F. F. als Thronfolger in Betracht, ohne aber hiezu ausdrücklich ernannt zu werden. Er erweiterte sein Wissen durch staatsrechtliche Stud. und unternahm wegen seiner angegriffenen Lunge mehrere Reisen im Mittelmeer. Ende 1892 trat er eine einjährige Reise um die Erde an, worüber er ein zweibändiges Werk veröffentlichte. Heimgekehrt, übernahm er als GM. das Kmdo. der 38. Inf.-Brig. in Budweis. Hier verschlechterte sich sein Leiden derart, daß er bis Ende 1897 teils in Südtirol, auf Lussin (Lošinj), in Ägypten und am Mittelmeer ausschließlich kurgemäß leben mußte. Da F. F. sich schon von der Thronfolge ausgeschaltet wähnte, förderte er durch zähen Lebenswillen seine Genesung. Nun wurde er, der schon 1896 zum FML. aufgerückt war, am 29. 3. 1898 „zur Disposition des Allerhöchsten Oberbefehls“ gestellt. Am 1. 7. 1900 heiratete er in morganatischer Ehe die Hofdame Sophie Chotek (s. d.), die der Kaiser dann zur Herzogin von Hohenberg erhob. Dieser Ehe entstammten eine Tochter und zwei Söhne. F. F. gewann rasch genauen Einblick in das Wehrwesen der Monarchie, förderte besonders die Kriegsmarine und beschäftigte sich eingehend mit dem Völkerproblem. Er haßte die Magyaren, liebte auch die Tschechen und Polen nicht, dafür bevorzugte er die Rumänen, Slowaken und anfänglich die Kroaten. Von den Deutschen waren die Christlichsozialen sein politischer Stoßtrupp, während er die betont Nationalen ablehnte. Bei seinen Plänen für den Umbau der Monarchie schwebte ihm zuerst ein Trialismus Wien-Budapest-Agram, dann die Aufgliederung des Reiches nach Sprachgrenzen vor. Als er die dabei zu erwartenden Schwierigkeiten erkannte, plante er eine Föderation der Kronländer, jedes in sich durch einen Ausgleich befriedet. Schließlich kehrte er zum Dualismus zurück, wollte sich in Ungarn jedoch erst nach Gleichschaltung der nicht übereinstimmenden Ausgleichsgesetze von 1867 krönen lassen. – Außenpolitisch neigte er einem Dreikaiserbündnis zu und hielt enge Freundschaft mit K. Wilhelm II., wobei beide im Wunsch nach Erhaltung des Friedens übereinstimmten. Deshalb lehnte er auch die vom General Conrad (s.d) vorgeschlagenen Vorbeugungskriege ab. Am 17. 8. 1913 ernannte der Kaiser F. F., der schon seit 1899 GdK. und seit 1902 Admiral war, zum „Generalinspektor der gesamten bewaffneten Macht“. Es war größte Tragik, daß der stets dem Frieden zugeneigte Thronfolger in Serbien fälschlich als Haupt der österr. Kriegspartei angesehen und deshalb mit seiner Gemahlin von dem bosnischen Serben G. Princip in Sarajevo erschossen wurde. Seine Ermordung war der unmittelbare Anlaß zum Ausbruch des Ersten Weltkrieges. 1895 Ehrenmitgl., 1913–14 Kurator der Akad. d. Wiss. in Wien, Protektor des Denkmalamtes.