Sohn des Offiziers Josef Bukowski Edler von Stolzenburg und von Rozalia Bukowski Edle von Stolzenburg, geb. Müllbauer; ab 1904 verheiratet mit Katharina Bukowski Edle von Stolzenburg, geb. Wehrmann (1858–1937). – Nach Besuch der Unterrealschule und des Untergymnasiums in seinem Heimatort sowie des Obergymnasiums in Teschen (Cieszyn) studierte B. 1877–81 Naturwissenschaften an der Universität Wien bei →Eduard Sueß und →Melchior Neumayr. 1881 beendete er sein Studium mit einem Absolutorium, besuchte allerdings noch im Sommersemester 1882 eine Lehrveranstaltung. 1885–89 Assistent an der Lehrkanzel für Paläontologie bei Neumayr, war B. ab 1889 an der Geologischen Reichsanstalt tätig, zunächst als Praktikant, ab 1893 Assistent, ab 1897 Adjunkt, ab 1900 Geologe und ab 1902 Chefgeologe; 1916 Oberbergrat. Bereits in jungen Jahren befasste sich B. mit Jurabildungen, 1887 galt sein Interesse umfangreichen paläontologisch-stratigraphischen Studien über den Jura der Umgebung von Krakau (Kraków), Tschenstochau (Czestochowa) und Wielun. 1887 und 1888 widmete er sich im Auftrag der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften in Wien geologischen Forschungen in der östlichen Ägäis (auf den Inseln Rhodos, Kasos und Armathia) sowie 1890 und 1891 in Kleinasien (Seengebiet Ejerdir / Egirdir, Beysehir, Aksehir und Buldur / Burdur im 400 km langen Landstreifen zwischen Babadag und Konya). Seine „Geologische Übersichtskarte der Insel Rhodos 1:120.000“ (1898) war die erste über dieses Gebiet. Seine Forschungsreisen in Kleinasien erbrachten zahlreiche neue stratigraphische und tektonische Resultate, vor allem über Kreide- und Eruptivgebiete, über Kristallin und Paläozoikum am Babadag und über neogene Süßwasserschichten. 1893–1914 arbeitete B. in Süddalmatien (Budua / Budva und Spizza / Spic). Daraus resultierten die „Geologische Detailkarte von Süd-Dalmatien, Blatt Budua 1:25.000“ (1903) sowie die Karten „Spizza, Nordhälfte“ (1909) und „Spizza, Südhälfte mit Erläuterungen“ (1912). Nach Ausbruch des 1. Weltkriegs begann er mit der Aufarbeitung seiner zahlreichen Aufsammlungen. Daneben untersuchte er die levantinischen Bildungen im Marchbecken. Bereits früher hatte er die levantinische Molluskenfauna mit ihrem großen Formenreichtum bearbeitet, wobei er auch Aufsammlungen des Naturhistorischen Hofmuseums in Wien mitbestimmt hatte. Seine stratigraphisch-paläontologischen Auswertungen zeichnen sich durch besondere Genauigkeit aus. In Galizien und Dalmatien gelang es ihm mit Hilfe geologischer Kartierung, bis dahin geologisch völlig unbekannte Gebiete tektonisch zu erfassen. Nach Dalmatien wurde er von seiner Gattin begleitet, die zwei Tagebücher über diese Forschungsreise hinterließ. 1919 übersiedelte B. nach Bochnia, wo er in die Abteilung für Erdöl und Salzvorkommen des neu gegründeten Polnischen Geologischen Diensts in Warschau eintrat; ab 1926 im Ruhestand, war er weiterhin wissenschaftlich tätig. U. a. entstand 1932 die „Geologische Detailkarte der subkarpathischen Zone von Bochnia 1:25.000“. Zahlreiche Fossilien sind nach ihm benannt, darunter Taramelliceras bukowski oder Cardioceras bukowski. 1891 erfolgte seine Aufnahme in die Physiographische Kommission der Akademie der Wissenschaften in Krakau, 1925 wurde er korrespondierendes Mitglied der Geologischen Bundesanstalt in Wien.