Sohn des Beamten →Joseph Burgerstein (s. u. →Alfred Burgerstein) und von Maria Burgerstein, geb. Steiner, Bruder von Alfred Burgerstein; ab 1891 verheiratet mit Anna Burgerstein, geb. Ulrich. – Nach dem Besuch des Akademischen Gymnasiums in Wien (Matura 1872) studierte B. Naturwissenschaften an der philosophischen Fakultät der Universität Wien; 1876 Dr. phil. nach Abfassung seiner Arbeit „Beitrag zur Kenntniss des jungtertiären Süßwasser-Depôts bei Ueskueb“ (in: Jahrbuch der kaiserlich königlichen Geologischen Reichsanstalt 27, 1877). 1877–82 Assistent bei →Eduard Sueß am Geologischen Institut der Universität Wien, legte B. 1880 die Lehrbefähigungsprüfung für Naturgeschichte an Gymnasien sowie Mathematik und Physik an Untergymnasien ab und wirkte 1882–1908 als Lehrer für Naturgeschichte an der Communal-Oberrealschule (ab 1896 Staatsrealschule) Marchettigasse (Wien 6). 1906 habilitierte er sich in Wien als Privatdozent für hygienische Pädagogik und hielt bis zur Zurücklegung seiner Dozentur 1927 jedes Semester die Vorlesung „Hygienische Pädagogik (Schulhygiene)“, deren Besuch zunächst durch Ministerial-Erlass für Lehramtskandidaten dringend empfohlen, durch die Prüfungsvorschrift von 1911 schließlich verpflichtend vorgeschrieben wurde. 1907 zum Regierungsrat ernannt, trat B. 1908 vom Schuldienst in den Ruhestand. Nach anfänglichen geologischen Studien – exemplarisch seien „Geologische Untersuchungen im südwestlichen Theile der Halbinsel Chalkidike“ (in: Denkschriften der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften, mathematisch-naturwissenschaftliche Classe 40, 1880), „Geologische Studie über die Therme von Deutsch-Altenburg an der Donau“ (ebd. 45, 1882) und „Der Boden von Gumpendorf und seine Stellung im Wiener Becken“ (in: Bericht über das 29. Schuljahr der Gumpendorfer Communal-Oberrealschule im VI. Bezirke in Wien …, 1883) genannt – wandte sich B. ab 1884 autodidaktisch schulhygienischen Themen zu. Auf diesem Gebiet erlangte er durch zahlreiche Publikationen, Übersetzungen von zum Teil schwer zugänglichen fremdsprachigen Arbeiten ins Deutsche sowie diverse Besprechungen und Rezensionen den Ruf einer internationalen Autorität. Sein Hauptwerk, das „Handbuch der Schulhygiene“ (gemeinsam mit August Netolitzky, 1895, 3. Aufl. 1912), wurde sogar ins Russische übersetzt. Mit den Publikationen „Die Gesundheitspflege in der Mittelschule“ (1887), „Rathschläge, betreffend die Herstellung und Einrichtung von Gebäuden für Gymnasien und Realschulen“ (1900) und „Notizen zur Hygiene des Unterrichts und des Lehrerberufes“ (= Handbuch der Hygiene, Suppl. 1, 1901) beeinflusste B. maßgeblich die Methoden des modernen Unterrichts und die Ausstattung von Schulgebäuden. Titel wie „Gesundheitsregeln für Schüler und Schülerinnen“ (1904, 16. Aufl. 1919), „Zur häuslichen Gesundheitspflege der Schuljugend“ (1904, 14. Aufl. 1915) und „Merkverse zur Gesundheitspflege mit erläuterndem Text“ (1907) befassen sich mehr mit der persönlichen gesunden Lebensführung der Jugend. Darüber hinaus verfasste B. zahlreiche Beiträge in Zeitschriften und Kongressberichten, redigierte 1905–07 die „Vierteljahrsschrift für körperliche Erziehung“ (gemeinsam mit Viktor Pimmer) und gab „Wandtafeln zur Schulhygiene“ (1910) heraus. 1912 begründete er die Oesterreichische Gesellschaft für Schulhygiene. Zur Bekämpfung des Alkoholismus schrieb er das Schauspiel in vier Akten „Der böse Geist“ (1917).